有机质在土壤中的含量很少，理想的有机质含量约在5%左右，在中国大多数的农田中，有机质的含量只有0.7%-1.2%。但是，它对于土壤肥力、作物健康度有着很大的影响。资料显示，在一定范围内，有机质的含量与土壤肥力水平呈正相关。有机质含量丰富的土壤往往表现为透水透气性好、供肥能力强、不容易出现板结以及盐渍化的情况。

作为土壤的活跃组成分，土壤微生物在自己的生活过程中，通过代谢活动的氧气和二氧化碳的交换，以及分泌的有机酸等有助于土壤粒子形成大的团粒结构，最终形成真正意义上的土壤。

蔬菜的产量是由含量最少的养分决定的，也就是土壤中有一种需要的营养元素缺乏，即使其他的营养物质再大量补充也不会获得良好的产量。

在酸性的土壤中，土壤中的磷酸容易和铁、铝结合成不溶物而被固定，影响蔬菜对磷的吸收；钾、钙等元素易被过多的氢离子取代而淋湿掉；另外，酸性土壤中铜、锌、锰、硼等微量元素溶解增大，如果再增加微量元素肥料的加入，那么很可能使作物受害。

如果持续向土壤中施加化肥，那么化肥的残渣就会残留在土壤中，土壤全盐含量必会有所升高，如果土壤中全盐含量达到一定范围之后，土壤便会有盐渍化的趋向，同时由于全盐含量升高，土壤溶液浓度过大，将直接影响蔬菜根系的生长。

土壤中既有各种养分、有益微生物，也有很多有害物质，例如重金属等，这些物质大量积累在土壤中，势必会对蔬菜产生危害，影响蔬菜生长。重金属不仅会影响土壤微生物的活性，还会与某些元素产生拮抗作用，也会影响植物对某些元素的吸收。例如：Zn、Ni、Co等元素能严重妨碍植物对磷的吸收，砷影响植物对钾的吸收，As可直接毒害根系，抑制根系生长，甚至腐烂，影响根系对营养元素的吸收，阻碍水分运输，干扰酶促反应。