酸化的土壤中氢离子超标，它会直接危害作物根系造成根系卷曲、变脆、变硬，吸收功能受阻。作物缺乏营养严重时可造成死棵烂根。酸化土壤中的锰离子和铝离子将磷元素固定，无法被作物吸收，大量锰离子、铝离子进入作物体内，排斥其他离子元素的吸收，造成作物缺铁、缺钙、缺镁及多种营养元素的吸收造成果实产量下降着色不良等，如辣椒的黑皮病。

地下害虫（如竹煌、线虫等）生存环境与土壤pH值密切相关。线虫的暴发流行和土壤的酸化有着直接关系，经大量调查，pH值越低线虫的危害越严重，这跟线虫喜欢酸性环境有很大关系。

土壤微生物一般最适宜pH值为6.5～7.5的中性范围，过酸或过碱都会严重抑制土壤微生物的生存空间，有害微生物种群数量就会增多，有益微生物种群数量会大幅减少，从而影响氮素及其他养分的转化和供应，并增加作物根部病害的发病率。